Возможность возникновения синергетических и антагонистических эффектов факторов совместного действия обусловливает некорректность оценок опасности поллютантов, основанных исключительно на данных химико-аналитического контроля. Поэтому во многих случаях перспективен биологический мониторинг, позволяющий получать интегрированную оценку последствий действия суммы загрязняющих веществ. Очень чувствительны к внешним воздействиям генеративные органы, поэтому оценивать опасность загрязнения эффективнее по параметрам репродуктивной способности растений (семенная продуктивность, масса и размеры семян, их всхожесть, а также морфологические нарушения у семян и проростков).

У высших растений физиологические повреждения атмосферными токсикантами часто сопровождаются ожогами, некротическими пятнами, побурением листьев и отмиранием их краев, формированием уродливых форм (смятых, скрученных и др.). У древесных растений хорошими индикаторными признаками могут служить также явления, связанные с нарушением водного обмена (опадение листьев и суховершинность). Рост поврежденных деревьев ослабляется, кольца в древесине становятся более узкими. При больших дозах токсических веществ может произойти полная дефолиация и гибель растений.

В определении степени загрязнения воздуха используется ряд особо чувствительных высших растений. Например, отдельные сорта гладиолусов (Gladiolus) и тюльпанов (Tulipa) служат хорошими индикаторами загрязнения фтористым водородом. Хорошим биоиндикатором служит и распространенный мятлик однолетний (Роа аппиа), чувствительный к токсическим газам. Показателями загрязнения воздуха могут быть и некоторые древесные растения. Так, у лещины (Corylus), платана (Platanus), катальпы (Catalpa) листья повреждаются при хроническом действии даже небольших концентраций S02. А при фитоиндикации утечки газа и I трубопроводов фиксируют признаки отравления и факты исчезновения определенных видов растений.